如果想要能够保证食品的卫生和的话，那么食品厂净化车间的作用就十分重要了。但是大家通常只关心食品厂净化车间的设计构思、修建及其可否一切正常运作，针对净化车间的管理方法却存有粗心大意，而这也造成了很多食品风险的出現。食品厂净化车间的管理方法，综上所述分成设备的管理方法和工作人员的管理方法2个层面。
通风管道根据大小分别选择不同厚度的渡锌板制作，风管制作须严格按照设计的规格进行裁剪、折边、成型。要做到内管接口咬缝紧密，宽度均匀，无孔洞。成型的风管两头装上相应的法兰，严密连接。在风管的表面贴上保温效果好的阻燃型塑板。清洗抹干风管，使管道内部达到没有污染、无油脂后，用塑料薄膜包好管道两头，等待拼接。
洁净车间地面一般有两种做法，环氧自流坪和塑料PVC地板。环氧自流坪的工艺是打磨地面，清扫，吸尘，涂刷封闭底料，刮腻子，再打磨吸尘，然后做自流平面。塑料PVC地面的工艺流程是清理地面，清除浮沉，定位铺设基准线，刷上地板胶，铺上塑料PVC地板，并在上面进行滚压使其和地面充分粘连。铺PVC地板比自流坪方便、快捷。
食品厂洁净车间的分区
一般食品厂洁净车间可大致分为三个区域：一般作业区、准清洁区、清洁作业区。
⊙一般作业区（非清洁区）：一般的原料、成品、工具储存区域，包装成品转运区域等原料、成品裸露风险较低的区域，如外包装室、原辅料仓库、包装材料仓库、外包装车间、成品仓库等。
⊙准清洁区：要求次之，如原料处理、包材处理、包装、缓冲间（拆包间）、一般生产加工间、非即食食品的内包装间等成品处理但不直接裸露的区域。
⊙清洁作业区： 指卫生环境要求，人员、环境要求较高，必须经过和更衣才可以进入，如：原料、成品裸露的处理区域，食品的冷加工间、即食食品的冷却间、待包装即食食品的储存间、即食食品的内包装间等。