灌装产品的无菌
食品物料的分为热力和冷。目前主要以热力为主，其又分和高温短时两种，物料的冷方法主要指紫外线和微波。简单解释如下：
（1）是指在温度和时间分别为135-150℃和2-8秒的条件下，对乳品或其他饮料进行处理的一种工艺。
（2）对有蒸煮味的物料可采用高温短时，在温度为70-75℃和时间为15-20s的条件下进行处理。
（3）冷方法是指采用紫外线、辐射、微波照射等以达到目的。
灌装环境的无菌
（1）无菌灌装环境首先要确保的是设备无菌，主要方法有加热法和化学法。
（2）对敞开式无菌灌装机而言，在无菌充填之前，灌装机内与产品接触的表面经过。其是通过灌装机自身产生的无菌热空气（或无菌热蒸汽）来实现的。在过程中，无菌热空气直接接触灌装机与产品接触的表面进行。
（3）封闭式无菌灌装机的只通过无菌热空气是不够的，还要保证封闭空间的无菌，即无菌室的。
（4）生产前，无菌室一般用双氧水喷雾和无菌空气的干燥来实现，无菌空气是通过灌装机内的无菌空气加热器将其加热至一定温度所得到的。
（5）时，液态双氧水喷射至无菌热空气中并瞬时蒸发，这样无菌空气和双氧水气体的混合物进入无菌室进行，冷凝在内表面的双氧水通过无菌热空气进行干燥，从而完成无菌室的。
（6）作为环境的一般采用洗涤、加热、和紫外线照射等措施，对与饮料相接触的装置和整个容器表面进行处理，空间环境则多采用，整个灌装系统无菌状态的维持则靠进入无菌空气并使整个系统保持一定的正压，以阻止外部空气中微生物侵入。
（7）设备停机时微生物会繁殖，可能导致大量微生物不能充分杀死。因此设备在清洗后应尽量抽干，以便没有水或溶液残留。
另一方面，空气本身并不产生污染，因为空气不含必要的水分和营养，不是适合微生物生长繁殖的天然环境，但是一般的大气环境仍含有不少的、霉菌和酵母菌。空气中的微生物来自灰尘微粒（自然因素如风，人为因素如车），来自人的皮肤与衣服，以及谈话、咳嗽、打喷嚏等造成的飞沫。因此，空气是侵袭我们产品的污染物的主要媒介。减少空气中悬浮粒子的含量和有效地去除已存在的固体微粒子，保持空气洁净，始终都是制造过程控制的主要内容。
对进入无尘车间的设备、材料以及容器、包装等的预清洁、拆包地点和方法，以及进入无尘车间的程序等，都应该按照无尘车间运行管理的相关规范执行。但即使严格按照相关规范和程序操作，仍然难以完全杜绝粘附在原材料、容器、包装，特别是一些难以清洁的产品的细小组件上的污染物被带入无尘车间。